O Erasmus encalha nas praias de uma vila japonesa, e os poucos tripulantes que restaram vivos são aprisionados pelos moradores locais, com exceção de John, para que ele dê informações aos japoneses sobre quem são e o que querem no país do sol nascente.
Como os japoneses tinham dificuldade em falar o nome dele, começaram a chamá-lo Anjin (piloto).
A partir daí Anjin-san, como passou a ser conhecido, foi envolvido em uma emaranhada trama política. Acontece que cinco Daimios (senhores que governavam as terras japonesas, abaixo apenas do Imperador e do Taikun), querem as informações que ele possa dar, para tramarem e virarem o Shogun (a maior autoridade do país, abaixo apenas do Imperador). O mais inteligente deles é Lorde Toranaga, de quem John é prisioneiro.
Além de política o livro é cheio de intrigas religiosas e romance. Aos poucos Anjin-san vai percebendo e se acostumando com a cultura do Japão, bem diferente da dele.

